Stojan Karajanov ka lindur në 10 tetor 1950 në Lazaropole, në Republikën e Maqedonisë.
Ai u diplomua në Fakultetin Filologjik të Universitetit Shën Ciril dhe Metodi në Shkup, në vitin 1974.
Që nga viti 1974 ai ka punuar në bashkinë e qytetit të Gostivarit dhe në vitin 1987 ai u emërua Drejtor i Qendrës Kulturore në Gostivar, ku punoi deri në vitin 1998.
Në vitin 1998 ai hyri në Ministrinë e Punëve të Jashtme të Republikës së Maqedonisë, ku punoi në Departamentin për vendet evropiane.
Nga viti 2000 deri më 2004 ai u shpall si Këshilltar-Konsull në Ambasadën e Republikës së Maqedonisë në Bruksel, Mbretëria e Belgjikës, duke drejtuar Departamentin Konsullor të Ambasadës.
Në vitin 2005 Qeveria e Republikës së Maqedonisë e ka emëruar atë si shef i Zyrës së Tregtisë dhe Ekonomisë të Republikës së Maqedonisë në Prishtinë, ku ai ishte diplomati i parë i Maqedonisë i akredituar në Republikën e Kosovës.
Pas transformimit të Zyrës së Tregtisë dhe Ekonomisë në Zyrën Ndërlidhëse të Republikës së Maqedonisë në Kosovë, Karajanov u emërua Ministër Fuqiplotë, dhe shef i Zyrës ndërlidhëse të Republikës së Maqedonisë në Republikën e Kosovës.
Më 1 janar 2010, Qeveria e Republikës së Maqedonisë emëroi Stojan Karajanov si Ambasadorin e parë të Jashtëzakonshëm dhe Fuqiplotë i Republikës së Republikës së Maqedonisë në Republikën e Kosovës.
Ai është i martuar me Poleksija Karajanova dhe ka dy fëmijë.
Ai është gjithashtu shkrimtar dhe autor i disa librave dhe anëtar me kohë të plotë i Shoqatës së Shkrimtarëve të Maqedonisë, si dhe fitues i disa çmimeve për letërsi.
Ai flet rrjedhshëm gjuhën shqipe, angleze, franceze dhe turke.
